Veruela se halla en un pequeño valle formado por el río Huecha, cuyo nacimiento se encuentra muy cerca del monasterio, protegido por la mole mítica del Moncayo.

El documento más antiguo referido a la fundación del monasterio verolense es la confirmación por el rey navarro García Ramírez de la donación de los lugares de Veruela y la Oliva y sus posesiones al monasterio cisterciense de Santa María de Niencebas (Fitero, Navarra) en 1145 para la erección de sendos cenobios de la Orden. Ésta había sido fundada en 1098 por Roberto de Molesmes que deseoso de restablecer la austeridad que caracterizó a la orden benedictina en sus orígenes (s. V) se retiró a Citeaux (cerca de Dijon, Francia), primera fundación cisterciense.

Poco tiempo después San Bernardo fundará Claraval, desplegando una ingente labor apologética y doctrinal.

La reforma bernarda de la relajada observancia benedictina cluniacense rápidamente se expandió por toda la Europa medieval.

En Aragón se levantaron grandes fundaciones, la primera de las cuales fue Veruela (1145 ó 1146), a la que siguieron Rueda (1153), Piedra (1194) y Santa Fe en Cuarte (1223), todas en la actual provincia de Zaragoza; además se erigieron los monasterios femeninos de Trasobares (h. 1168), cercano a Veruela, y Cambrón, trasladado en el siglo XVI al de Santa Lucía en la capital aragonesa, el único activo en la provincia

Estas fundaciones religiosas fueron propiciadas por la corona aragonesa con la confirmación de numerosos privilegios y donaciones, que sumadas a las de los particulares, compusieron un rico patrimonio que en el caso verolense conformaba una red con decenas de posesiones que iban desde Huesca a Saviñán pasando por Pedrola.

Aportaron no sólo unos nuevos valores religioso-espirituales y culturales sino también de índole económico-política a través del dominio del espacio por medio del esfuerzo colonizador.

Los «monjes roturadores» como se ha dado en llamar a los cistercienses por su influencia económica agrícola, organizan sus abadías como verdaderos núcleos que activan la repoblación de zonas despobladas o poco pobladas a través de la roturación de las tierras incultas, o en territorios defensivo-fronterizos, características ambas de las que participa Veruela.

Para el dominio del espacio resulta básica la ordenación de los recursos del agua; para ello los monjes verolenses configuraron una amplia red de acequias, presas y molinos en torno a la cuenca del Huecha. 

La construcción del cenobio actual debía estar lo suficientemente adelantada en el año 1171 como para posibilitar el traslado de la comunidad.

Las obras de la iglesia se dilataron por espacio de más de 250 años; la fábrica es sobria, sin apenas adornos escultóricos, de acuerdo con el espíritu bernardo, pero de proporciones y calidad catedralicias que proclaman los ingentes recursos económicos del monasterio.

A finales del siglo XIV se procedió a un cambio notable en la administración, se pasó de la expansión colonizadora mediante cartas de población u otros instrumentos jurídicos, al arriendo de los extensos bienes del monasterio, incluso a su venta.

La cifra de los hermanos conversos (legos) que antaño se hacían cargo de la explotación del dominio verolense descendió irremediablemente en los siglos siguientes, teniendo que aceptar el ingreso de donatos (personas que prestan sus servicios al monasterio sin haber profesado). Sin embargo, las elevadas rentas mantuvieron una amplia y no mermada comunidad de monjes y permitieron continuar mejorando y ampliando la fábrica monástica.

Así, a partir de 1472 y hasta 1617, los abades verolenses ya no fueron regulares sino nombrados por el rey, o comanditarios, ajenos incluso a la orden cisterciense. Abrió la serie el arzobispo de Zaragoza, Juan de Aragón (1472-1475), hijo bastardo del rey Juan II de Aragón.

Los grandes abades de este periodo fueron Hernando de Aragón (1534-1539), nieto de Fernando el Católico, que dejó el cargo para ocupar la sede episcopal de Zaragoza, y su gran amigo y sucesor, Lope Marco (1539-1560) que ampliaron y decoraron notablemente el viejo monasterio medieval. Bajo la dependencia de la congregación cisterciense de la Corona de Aragón, creada en 1617, los abades pasaron a ser cuatrienales hasta la supresión monástica en la Desamortización.

Coincide este cambio político con el comienzo de una de las ampliaciones mayores del monasterio, la construcción del monasterio nuevo (1617-1664) con un sistema de celdas individuales para los monjes (unas 65). En esta época, Felipe IV visitó Veruela (1643).

Hasta el inicio de la Guerra de Independencia (1808-1814) que supuso la supresión del monasterio debido a las medidas desamortizadoras del gobierno napoleónico, la comunidad de «monjes blancos» no bajó de cuarenta padres; después del regreso al monasterio terminada la guerra comenzó el descenso a la vez que se hacían cada vez más acusadas las diferencias políticas entre los monjes, divididos en carlistas e isabelinos, todo en vísperas de la supresión total del cenobio.

La Desamortización de Mendizábal (1835) provocó el abandono del monasterio de Veruela que desde comienzos de siglo estaba sumido en una irremediable decadencia.

Sacado a pública subasta el edificio en 1844, la Comisión central de Monumentos artísticos de Madrid reclamó su conservación e impidió su licitación al mejor postor, salvando la fábrica de su total destrucción. Desde entonces fue meta de numerosos viajeros románticos entre los que destacaron los hermanos Bécquer.

A la Junta de Conservación que lo preservó de su destrucción desde 1845, siguió la tutela de la Compañía de Jesús que allí se instaló con un noviciado en abril de 1877 hasta 1973, con la sola interrupción de la expulsión durante el Gobierno de la República y la Guerra Civil (1932-1939), siete años en los que volvió a estar abandonado. Fue declarado Monumento Nacional en 1919, decreto ampliado en 1928.

En 1976 la Dirección General de Bellas Artes del Estado español lo cedió en usufructo a la Diputación de Zaragoza  para su rehabilitación y conservación, en la cual ha invertido varios cientos de millones de pesetas en más de veinte años de esfuerzo continuado.

Veruela pasó a propiedad de la Diputación Provincial de Zaragoza en 1998, institución que continúa a buen ritmo las obras de restauración así como ha potenciado sus actividades culturales con exposiciones temporales, publicaciones y la celebración estival del Curso Internacional de Composición Musical y del Festival Internacional de Música «Veruela Música Viva» (desde 1994).